Το αεροδρόμιο, που φέρει επίσημα το όνομα του Νίκου Καζαντζάκη, είναι το μεγαλύτερο της Κρήτης. Την καλοκαιρινή περίοδο χρησιμοποιείται από πολυάριθμες πτήσεις τσάρτερ, ενώ τον υπόλοιπο χρόνο χρησιμοποιείται κυρίως από πτήσεις από την Αθήνα και άλλες ελληνικές πόλεις.

Το αεροδρόμιο του Ηρακλείου είναι εκ πρώτης όψεως αρκετά παλιομοδίτικο και οι ανέσεις του δεν ανταποκρίνονται σε μεγάλο βαθμό στη σημερινή λειτουργία.

Το 2017 ελήφθη η οριστική απόφαση για την κατασκευή ενός νέου σύγχρονου αεροδρομίου, η ημερομηνία ολοκλήρωσης του οποίου συνεχώς μετατίθεται και σήμερα αναμένεται να ανοίξει στα τέλη του 2026/αρχές του 2027.

Εναλλακτικά, το αεροδρόμιο των Χανίων μπορεί να χρησιμοποιηθεί για ταξίδια προς τη δυτική Κρήτη.

Από τον Απρίλιο έως τον Οκτώβριο, το αεροδρόμιο φιλοξενεί πολλές αεροπορικές εταιρείες από όλη την Ευρώπη, με τακτικές πτήσεις και πτήσεις τσάρτερ προς όλες τις γωνιές της ηπείρου.

Τα πιο εκτεταμένα δίκτυα δρομολογίων από το Ηράκλειο εκτελούνται από τις ακόλουθες αεροπορικές εταιρείες:

• Aegean Airlines: υπηρεσία όλο το χρόνο αρκετές φορές καθημερινά προς Αθήνα + καλοκαιρινές εποχιακές απευθείας πτήσεις προς όλη την Ευρώπη
• Sky Express: όλο το χρόνο προς Αθήνα, Θεσσαλονίκη και άλλα ελληνικά νησιά + θερινές εποχιακές απευθείας πτήσεις προς όλη την Ευρώπη
• Jet2.com: η πιο συχνή υπηρεσία προς πολλές πόλεις του Ηνωμένου Βασιλείου
• Eurowings: πτήσεις προς πολλές γερμανικές πόλεις
• Volotea: απευθείας πτήσεις προς Αθήνα, Ιταλία και Γαλλία
• TUI: εκτεταμένες συνδέσεις με το Ηνωμένο Βασίλειο, τις Κάτω Χώρες, το Βέλγιο και τη Γερμανία
• easyJet: πτήσεις προς πολλές πόλεις του Ηνωμένου Βασιλείου, τη Γαλλία και την Ελβετία
• Wizz Air: τακτικές πτήσεις προς την Ανατολική Ευρώπη
• Ryanair: σχετικά περιορισμένος αριθμός πτήσεων σε σύγκριση με άλλες εταιρείες, π.χ. προς Μπέργκαμο, Βιέννη, Βερολίνο ή Βρυξέλλες