Τα Χανιά χρησιμοποιούν έναν ενιαίο μικρότερο, μοντέρνο τερματικό σταθμό, ο οποίος είναι πολύ εύκολος στην πλοήγηση. Οι αποστάσεις από τα αεροπλάνα είναι μικρές, αναμείνατε μεγαλύτερο πλήθος κατά τη θερινή περίοδο σε μια σχετικά μικρή περιοχή.
Το check-in για τις πτήσεις από και προς τη ζώνη Σένγκεν γίνεται σε ένα κοινό λόμπι. Το check-in πραγματοποιείται μετά το κοινό σημείο ελέγχου ασφαλείας, με ορισμένες πύλες μετά τον έλεγχο διαβατηρίων, ενώ άλλες όχι.
Οι αίθουσες αναχωρήσεων και αφίξεων βρίσκονται στο ισόγειο.
Το αεροδρόμιο κλείνει μεταξύ της τελευταίας και της πρώτης άφιξης, συνήθως οι ώρες λειτουργίας είναι από τις 4:00 έως τις 0:00.
