Η μικρή εκκλησία που είναι αφιερωμένη στον Ιωάννη τον Βαπτιστή είναι επίσης ένα από τα πιο σημαντικά μνημεία του Nessebar.

Αυτή η εκκλησία έχει μια πολύ ασυνήθιστη αρχιτεκτονική σε σύγκριση με άλλα θρησκευτικά κτίρια στην πόλη. Είναι χτισμένη σε σχέδιο σταυρού και η πρόσοψή της είναι κατασκευασμένη από ακατέργαστη πέτρα.

Η εκκλησία του Ιωάννη του Βαπτιστή είναι ένα από τα παλαιότερα διατηρημένα κτίρια και χρονολογείται από τον 11ο αιώνα.